Процедура Ig афереза не является строго специфичной в отношении патогенных аутоантител. В процессе процедуры Ig афереза происходит удаление всех иммуноглобулинов класса G и М, а также иммунных комплексов.

Особенностью аутоиммунных процессов является то, что, как правило, в них вовлечен широкий спектр антител, причем только часть из них известна. Кроме того, существует большое количество аутоиммунных заболеваний неизвестной этиологии. Поэтому, для эффективного воздействия на патологический процесс, возможность удалить все иммуноглобулины и иммунные комплексы является наиболее эффективной. В отличие от аутоантител и иммунных комплекcов, концентрация нормальных иммуноглобулинов быстро восстанавливается после процедуры.